Недавняя книга «Эволюционная генетика человека» –
правильные данные, неверная интерпретация
Раскрываем новую книгу – «Эволюционная генетика человека» (Human Evolutionary Genetics), авторы Jobling, Hollox, Hurles, Kivisild, Tyler-Smith, год издания 2014 (именно так, издательство забежало на полгода вперед), глава 9 – «Происхождение современного человека», стр. 304-305. Раздел «Митохондриальные ДНК». Цитата: «Исследования показали поразительные особенности: полное разделение африканских и неафриканских ДНК-линий» («Complete separation of African and non-African lineages»). Раздел «Y-хромосомы». Цитата: «Хотя менее детальные, чем мтДНК, исследования показали близкие параллели: полное разделение африканских и неафриканских ДНК-линий» («Complete separation of African and non-African lineages»).
Как мы видим, никаких противоречий с диаграммой выше. Но авторы уже накручивают свои интерпретации, основываясь на данных 2000 года – и по мтДНК, и по Y-хромосоме. Так, Y-хромосомную гаплогруппу В считают африканской, и пишут, что соответствующая ветвь содержит «как африканские, так и неафриканские ДНК-линии». Смотрим на диаграмму – да, гаплогруппа В находится в одном кусте с неафриканскими гаплогруппами, и мы выше показали, что она удалена от африканских гаплогрупп, и находится в одном кластере с неафриканскими, с одним общим предком. А почему авторы назвали ее «африканской»? Да так, многие носители гаплогруппы В сейчас живут в Африке. Помните, как я писал про популяционных генетиков? «Что вижу, то и пою». У них раз в одном кластере находятся как гаплогруппа В, так и неафриканские линии, значит, «выход из Африки». А они все там, в том кластере, неафриканские. Да если бы и была неафриканская линия вместе с неафриканскими – почему непременно «выход из Африки»? Почему с тем же успехом не «вход в Африку»? А так, маршируют по накатанному тракту, ответ заранее известен. Датировку этого кластера, содержащего неафриканские гаплогруппы и гаплогруппу В (тоже неафриканскую по происхождению) авторы книги дают как 52±28 тысяч лет назад. У меня в статье – 64±6 тысяч лет назад. Где же противоречие?
Те же авторы приводят датировку всех ДНК-линий – 172±50 тысяч лет назад. Действительно, у меня в статье 160±12 тысяч лет назад. Где же противоречие? То есть популяционные генетики оспаривают не по сути, не с данными в руках, а просто «в принципе», ради неприятия. Обычное дело.
В отношении мтДНК авторы симметрично приводят те же самые интерпретации, что и с Y-хромосомой – похожая ветвь, содержащая «африканские мтДНК» (потому что сейчас там живут) и неафриканские – значит, «выход из Африки», причем датировка этой «смешанной» ветви между 31 и 79 тысяч лет назад, с медианой 40 тысяч лет назад, датировка совокупности всех мтДНК – между 40 и 140 тысяч лет назад, медиана 59 тысяч лет назад. Разнобой в датировках между Y-хромосомными данными и мтДНК авторы и не обсуждают, а зачем? Вывод давно готов – «выход человечества из Африки». Этот же вывод, хотя в осторожном виде – и в заключении по главе. Там же и про «более высокое генетическое разнообразие в Африке», и то, что в Африке человек появился примерно 200 тысяч лет назад, а вне Африки – после 45 тысяч лет назад. Здесь же и про консенсус специалистов о «выходе из Африки». Мы видели, что все эти (или подобные) датировки и «разнообразия» объясняются диаграммой выше, но попгенетики других объяснений не хотят. У них – «консенсус».
История с продолжением статьи Канн (1987)
«о выходе из Африки», но уже без Канн (1991)
По-своему интересно продолжение статьи Канн и других (Cann, Stoneking and Wilson, 1987), которую мы обсуждали выше. Новая статья вышла спустя четыре года (Vigilant et al, 1991), в авторах Канн уже нет, но есть два прежних соавтора, Стоункинг и Уилсон, с тремя новыми авторами. Статья 1991 года сообщает, что работа Канн и др. (1987) встретила резкое неприятие многих специалистов из-за того, что общий предок человечества якобы жил в Африке, и признает, что в статье Канн и др. (1987) было много слабых звеньев. Эти слабые звенья авторы (двое из которых и были авторами той слабой, по их признанию, работы) перечисляют на протяжении целого абзаца – там и непрямой метод сопоставления мтДНК, и малая выборка, причем состоящая в основном из американцев африканского происхождения, и заведомо непригодный метод «средней точки», примененный авторами статьи 1987 года, и отсутствие статистической обработки полученных данных, и «неадекватная калибровка» скорости мутаций в мтДНК, и другие. Иначе говоря, эта заведомо слабая статья, по признанию самих авторов, легла в основу теории «выхода из Африки». Но процесс уже пошел, поэтому последующая статья (1991) преследовала цель все-таки оправдать концепцию «выхода из Африки», что неафриканцы произошли от африканцев, и фактически заменить собой слабую, раскритикованную статью 1987 года.
И в чем было то самое оправдание? Показать, что африканские мтДНК древнее неафриканских. Но это опять продолжение той вечной фундаментальной ошибки популяционных генетиков, что если одна популяция древнее другой – то первая популяция якобы предковая по отношению ко второй. Взглянем опять на ту же самую диаграмму выше – левая ветвь древнее правой, но она не предковая по отношению к правой. У них – один общий предок. И вот эту фундаментальную ошибку попгенетики повторяют все последующие 25 лет, до настоящего времени. Опять и опять авторы статьи (1991) повторяют, что африканская ветвь древнее неафриканской, значит, предковая, не понимая, что это вовсе не является доказательством «предковости». Мой дядя «древнее» чем я, но он не мой предок.
В заключении статьи (1991) авторы пишут: мы представили самые строгие доказательства, что наш общий предок жил в Африке 200 тысяч лет назад. На самом деле, как читатель уже давно понял, эти доказательства на самом деле были о том, что сохранившаяся ветвь людей, ныне живущих в Африке, древнее сохранившейся ветви людей, живущих вне Африки. О «предковости» эти «доказательства» ничего не говорят. Для этого надо сравнивать гаплотипы популяций (что авторы статьи 1991 года не делали, и попгенетики не делают до сих пор) и их снип-мутации (что авторы не делали), и последнее тоже показывает, что наши предки из Африки не вышли. Об этом – следующий раздел.
Снип (SNP)-мутации показывают, что мы –
не потомки африканцев гаплогрупп А или В
Перейдем к недавней статье (Scozzari et al, 2012), которую часто ставят в пример как образцовую работу по геному африканцев и обоснованию «выхода человечества из Африки». Действительно, статья объявляет об обнаружении 22 новых необратимых мутаций в Y-хромосоме человека, о подтверждении 146 известных мутаций и о конструировании нового, улучшенного дерева гаплогрупп и субкладов африканцев с переходом в неафриканскую часть дерева, и именно сводной гаплогруппы СТ. Это – вся правая часть дерева выше на диаграмме, от гаплогруппы С до R2. Авторы статьи называют ее «вышедшей из Африки». Посмотрим, так ли это. Дерево гаплогрупп и субкладов из статьи (Scozzari et al, 2012):
Дерево самых древних гаплогрупп и субкладов, приведенное в статье (Scozzari et al, 2012). Показаны номера необратимых мутаций (SNP, Single Nucleotide Polymorphism, или снипы), которые задают определенные субклады. Видно, что больше половины субкладов относятся к гаплогруппе А, которую авторы считают африканской. Все остальные субклады, кроме одного, относятся к гаплогруппе В, которую авторы также считают африканской. Гаплогруппа в нижней правой части, СТ, состоит, по данным авторов, из 19 ДНК-линий, все неафриканские. Картинка кликабельна.
Обратим внимание на некоторые особенности дерева на этом рисунке. Оно начинается (точнее, продолжает эволюционный ствол Y-хромосомы человека) в верхней левой части диаграммы, тут же идет первое расхождение, или вилка (гаплогруппа A0-T, хотя это название на диаграмме не показано), на гаплогруппу A1b (так на диаграмме) c субкладами, с одной стороны, и на остальную часть дерева, с другой. Иначе говоря, от дерева отходит первая африканская ветвь, и никакие неафриканцы (гаплогруппа СТ) от нее уже не происходят. В статье используется уже устаревшая номенклатура 2011 года, и то, что в статье обозначено как A1b, сейчас называется А0, со снипами V148, V149 и другими, приведенными на верхней линии диаграммы (см. выше также дерево гаплогруппы А).
На следующей вилке (гаплогруппа А1) в сторону отходят африканские гаплогруппы А1а и А1а1 с их снипами М31, Р82, V4 и другими, в другую сторону – остальная часть дерева. От второй африканской ветви (A1a c cубкладом) неафриканцы (гаплогруппа СТ) тоже не происходят.
Третья вилка – гаплогруппа А1b согласно нынешней классификации. От нее отходят в сторону африканские гаплогруппы А2 и А3 с субкладами (номенклатура устаревшая), сейчас это A1b1 cо снипом V249/L419, которая далее расходится на субклады A1b1a-V50 (бывшая А2) и A1b1b-M32 (бывшая А3), оба с подгруппами. Среди последних – субклад A1b1b2b-M13, тот самый, из которого выходят арабская и европейская ДНК-линии, гаплотипы которых мы рассматривали выше. Другая ветвь этой вилки от гаплогруппы А1b – сводная гаплогруппа ВТ, показанная в нижней части рисунка из статьи (Scozzari et al, 2012). Совершенно ясно, что эта гаплогруппа ВТ никоим образом не образуется от «африканских» гаплогрупп с индексом А, которые все находятся в верхней части этого рисунка. Слово «африканские» здесь приходится брать в кавычки, поскольку среди их субкладов и те самые европейская и арабская ветви, причем европейская – это, в основном, Англия, Ирландия, Шотландия, Турция (хотя лишь 3% Турции территориально находится в Европе), арабская – в основном Саудовская Аравия, и гаплотипы из Англии, Швейцарии, Финляндии и других стран.
Естественно, можно утверждать, что европейские и азиатские гаплотипы гаплогруппы А когда-то вышли из Африки вместе с мигрантами оттуда, но с таким же успехом можно утверждать, что они попали в Африку тем же путем. Так что эти аргументы не проходят, хотя только «из Африки» вызывает поддержку среди сторонников «выхода из Африки». Альтернативные объяснения они не рассматривают в принципе.
Завершая рассмотрение рисунка из статьи (Scozzari et al, 2012), стоит отметить и тот факт, что общепризнанно «неафриканская» сводная гаплогруппа СТ (нижняя линия на рисунке) не выходит и из гаплогруппы В с ее субкладами, назвать ее африканской или нет. Видно, что эволюционный путь гаплогруппы СТ минует все «африканские» гаплогруппы, даже если они все содержат европейских или других предков. Если двигаться вверх по временной шкале (то есть слева направо) мутационный путь гаплогруппы СТ выходит из основного «ствола» эволюции Y-хромосомы человека, то есть ниже «хвостика», обозначенного на рисунке слева вверху, проходит через гаплогруппу А0-Т (никаких сведений, что она якобы «африканская» – нет), далее через гаплогруппу А1 (то же самое, нет никаких сведений, что она якобы «африканская»), далее через гаплогруппу A1b, тоже неафриканскую, далее через гаплогруппу ВТ, и становится гаплогруппой СТ. Все три «африканские» ветви (А0, А1а, А1b1) на этом пути уходят в сторону путем соответствующих ответвлений, вилок.
Мы остановились на этом столь подробно, потому что в академической литературе, и тем более в популярной, такой или подобный анализ никогда не проводился. Обычно показывается дерево, как на рисунке из статьи (Scozzari et al, 2012), и скороговоркой сообщается, что оно «свидетельствует о выходе человечества из Африки». Никакого объяснения не дается. Ответ готов уже заранее. Иногда доходит до абсурда – сообщается, что гаплогруппы ВТ и СТ выходят из гаплогрупп А1b, или A1, или А0-Т, значит, это африканские гаплогруппы, поскольку имеют индекс «А». То есть подмена понятий зашла настолько далеко, что абсолютно условные названия принимаются за доказательства тезиса. То, что эти гаплогруппы могли с таким же успехом назвать X, Y, Z, или W, в голову уже не приходит. Раз «А», значит, Африка, нет и сомнений.
Так что никакого противоречия между рисунком из статьи (Scozzari et al, 2012) и диаграммой выше нет, они показывают те же самые закономерности эволюционного развития гаплогрупп, а именно расхождение на «африканские» и «неафриканские» ветви. Разница между ними только в том что на рисунке из статьи (Scozzari et al, 2012) более детально показаны субклады гаплогрупп А («африканской») и В, а на диаграмме – «неафриканские» гаплогруппы ВТ. Ещё в том, что первое изображение построено с учетом хронологической шкалы, а второе – без учета. Чтобы показать сходство, расположим оба дерева гаплогрупп вертикально, в одном направлении.
Сопоставление деревьев гаплогрупп и субкладов «африканской» группы (левая часть обоих деревьев) и «неафриканской» (одна линия сводной гаплогруппы СТ на левом дереве и куст гаплогрупп ВТ на правом дереве). Левое дерево (Scozzari et al) опубликовано в ноябре 2012 года, правое дерево (Klyosov, Rozanskii) опубликовано в мае 2012 года. Левое дерево показывает, что серия «африканских» гаплогрупп трижды последовательно отделяется и уходит в сторону от неафриканских, и что неафриканская ДНК-линия СТ (вертикальная линия справа) не происходит от «африканских». Правое дерево показывает те же отщепления «африканских» гаплогрупп от неафриканских (куст гаплогрупп справа), и указывает, что расхождение дерева на африканские и неафриканские гаплогруппа произошли примерно 160 тысяч лет назад. Картинка кликабельна.
Оба дерева не показывают недавно обнаруженную гаплогруппу А00, «возраст» которой не менее 200 тысяч лет. Она приведена на следующем рисунке, вместе с изменениями номенклатуры (согласно ISOGG, 2013).
Итак, картина в целом прояснилась. Никакого противоречия между деревом Y-хромосомных гаплогрупп человечества, полученным при изучении гаплотипов гаплогрупп от А до Т (Klyosov and Rozhanskii, 2012b, май 2012), и деревом, полученным при геномном изучении Y-хромосомы (Scozzari et al, 2012, ноябрь 2012), нет. Все эти данные, как и другие, показывают глубокое мутационное расхождение между африканскими и неафриканскими ветвями (гаплогруппами, субкладами), и не выявляют «африканское» происхождение анатомически современного человечества. Вместо этого, данные показывают расхождение африканских и неафриканских ДНК-линий примерно 160 тысяч лет назад.
Возникает закономерный и недоуменный вопрос – почему, имея все эти данные, авторы исследований продолжают писать, что человечество вышло из Африки относительно недавно, в последние 50-100 тысяч лет? На каком уровне фактического материала или его интерпретаций происходит сбой? Ответить на этот вопрос представляется не менее важным, чем получить ответ, что человечество из Африки не выходило.
Посмотрим на упомянутую статью Scozzari et al (2012). В какой момент там появилась фраза об африканском происхождении человека? На чем основана?
Эта фраза появляется уже во втором абзаце введения в статью, и сообщает, что гаплогруппа СТ является результатом «недавнего выхода из Африки». В подверждение этого дается ссылка на статью консорциума Проекта «1000 геномов» под названием «Карта вариаций генома человека» (Nature, 2010), в которой про выход из Африки вообще ни слова, как и про гаплогруппу СТ. Понимаете, в чем проблема? Сторонников концепции «выхода из Африки» приходится постоянно ловить за руку, и это продолжается уже более 20 лет. Еще несколько абзацев ниже – опять про «выход из Африки», уже гаплогруппы С, и вообще никакой ссылки.
Диаграмма эволюции гаплогрупп современного человечества с добавлением недавно обнаруженной гаплогруппы А00, и с заменой устаревшей номенклатуры 2012 года на номенклатуру 2013 года. На горизонтальной оси – основные гаплогруппы Y-хромосомы человечества, на вертикальной – абсолютная шкала времени. Общий предок альфа-гаплогруппы (гаплогруппы A1b в нынешней классификации) жил примерно 160 тысяч лет назад, общий предок бета-гаплогруппы (или предковой для гаплогрупп от В до Т) – 64±6 тысяч лет назад (из статьи A.A. Klyosov and I.L. Rozhanskii, Advances in Anthropology, 2012b).
Идем по статье (Scozzari et al, 2012) дальше. Описывается гаплогруппа A1b (самая верхняя линия на рисунке, взятом из этой статьи, которая первой отошла от остальной части дерева, и по новой номенклатуре называется гаплогруппой A0). Она же отходит влево от дерева на обновлённой диаграмме эволюции гаплогрупп современного человечества примерно 180 тысяч лет назад. Сообщается, что людей с такой мутацией (Р114) найдено очень мало, всего трое из Камеруна, из них один – в данной работе. Мой коментарий – очень хорошо, у меня лично нет больших сомнений, что гаплогруппа А0 и ее ветви – африканские. Но мы от них не произошли, что дерево и показывает.
Далее, авторы сообщают, что в Нигере нашли двух человек гаплогруппы А1а – вторая линия в верхней части рисунка из статьи (Scozzari et al, 2012), тоже «африканская». Мой комментарий – и с этим нет никаких проблем. Неафриканских потомков от них тоже нет, согласно тому же рисунку.
Далее, гаплогруппа А2, то есть по нынешней номенклатуре А1b1a, третья по счету линия на рисунке из статьи. Авторы сообщают, что носители этой гаплогруппы почти все говорят на щелкающих языках южной Африки, а также являются пигмеями центральной Африки. Авторы нашли троих носителей этой гаплогруппы в Южной Африке. Мой комментарий – замечательно, нет проблем, это вполне африканская линия, и неафриканцы от нее не происходят, как показывает тот же рисунок.
В отношении гаплогруппы А3, то есть по нынешней номенклатуре A1b1b-M13, авторы нашли десять носителей этой гаплогруппы – в Эфиопии, Кении и Южной Африке. Еще 28 человек, обладателей этой гаплогруппы из европейских стран и Саудовской Аравии, приведены в Проекте гаплогруппы А, на который выше дан линк. Но пусть эта гаплогруппа считается африканской, все равно неафриканцы от нее не происходят, как видно из рисунка статьи (Scozzari et al, 2012). Гаплогруппу В авторы отправляют к югу от Сахары, а также по всей Африке – центральной, восточной и южной. Мы уже показывали выше, что гаплотипы гаплогруппы В чрезвычайно удалены от «африканских», и явно имеют другое происхождение, родственное неафриканским гаплогруппам. Но это в данном случае не имеет значения, так как «неафриканские» ДНК-линии гаплогруппы СТ не выходят из гаплогруппы В. Они с ней имеют общего предка – гаплогруппу ВТ.
И какой же после всего этого делают вывод авторы статьи (Scozzari et al, 2012)? Вы, читатель, будете смеяться, но вывод такой, что гаплогруппы СТ вышли из Африки, и не только из Африки вообще, а из ее северо-западного региона. Именно там, по словам авторов, находятся «истоки разнообразия Y-хромосомы человечества». Как, откуда? Ведь даже беглый взгляд на дерево гаплотипов показывает, что в основе СТ нет африканских источников. Все они – в верхней части диаграммы. А вот так. На этот счет в Америке есть поговорка – «не путайте меня фактами, я уже настроился».
Как читатель уже понял, и понял давно, «выход человечества из Африки» стал форменной религией, основанной, как и положено религии, на вере, и аргументы там уже почти бесполезны.
Об этом же и другая относительно недавняя статья (Cruciani et al, 2011), в которой уже в названии стоит «происхождение разнообразия в Африке». На каком научном основании? Да все на том же – показали, что африканские Y-хромосомные линии древнее, чем линии неафриканцев. Опять в соответствии с диаграммой выше. Их дерево гаплогрупп почти такое же, как и на рисунке из статьи (Scozzari et al, 2012), но с датировками – 142 тысяч лет назад в сторону от эволюционного Y-хромосомного ствола отошла ветвь А1b (A0 в новой классификации), затем примерно 108 тысяч лет назад отошла ветвь А1а, затем, 105 тысяч лет назад, ветвь А2, затем, те же 105 тысяч лет назад, ветвь А3, которые авторы считают африканскими, поскольку они найдены у четырех африканцев, у которых эти гаплогруппы определяли – и пусть считают, и только затем, 75 тысяч лет назад, отошла ветвь ВТ и далее, 39 тысяч лет назад, ветвь СТ, уже общепризнанно неафриканская. Ни ВТ, ни СТ от «африканских» линий не происходят. Но поскольку точки ветвления авторами названы буквой «А» (А1а-Т, А2-Т), что автоматически принимается за «африканские», то вот и «происхождение из Африки». Поражает такой тип прямолинейного мышления популяционных генетиков.
Хорошо, это – мужская, Y-хромосома. Ясно, что соответствующие экспериментальные данные не показывают никакого выхода из Африки. Нет в основе неафриканских гаплогрупп африканских снип-мутаций. Неафриканские гаплотипы исключительно удалены от африканских. Как признают практически все источники, между ними – огромный разрыв, но авторы дальше не идут. Закрыв глаза, повторяют как мантру – «вышли из Африки».