
В 1990 году Федерация Футбола Грузии вышла из состава Федерации Футбола СССР. Это означала, что Грузинские клубы больше не будут принимать участие в Советском Чемпионате. С этого периода начинается новейшая история Динамо Тбилиси.
Первую встречу Динамовцы провели на собственной арене против- Потинского Колхети 1913, 30- го марта 1990 года. Неожиданно Динамовцы уступил сопернику со счетом 0-1. Единственный гол в свои ворота забил капитан Тбилисцев- Гела Кеташвили. Динамо все равно доказала, что была сильнее своих соперников и стала чемпионом. Этот титул команда обладала девять лет подряд.
В 1992 году команда первый раз выигрывает национальный кубок, победив Сухумскый Цхуми. В 1993 году Динамо первый раз сделала дубль, выиграв чемпионат и кубок Грузии. Но важнее было то, что Динамо выступила на Еврокубках, как команда представляющая суверенную Грузию.
18-го августа 1993 года Динамо Тбилиси обыграла Линфильд из Бельфаста со счетом 2-1. Голы в матче забили Шота Арвеладзе и Гела Иналишвили. Ответная встреча завершилась вничью 1-1 и Динамо готовилась к игре против Датского Копенгагена... УЕФА сняла чемпиона Грузии с розыгрыша, из-за попытки подкупа арбитра.
В 1996 году Динамо под руководством Давида Кипиани, прошла три этапа кубка Уефа. После победы над Люксембургским Гревенмахером (4:0, 2:2), Норвежским Мелде (2:1, 0:0) и Московским Торпедо (1:0, 1:1), Динамовцы уступили Португальской Боавиште (1:0, 0:5). В том же 1996 году Динамо выиграла первый супер кубок страны. Для Динамо становилось все труднее удерживать лидерские позиции и в 2000- ом году уступил чемпионский титул