В годы гражданской войны Григорий Котовский участвовал в обороне Петрограда, командовал кавалерийской бригадой, воюя в Бессарабии, на Украине и на советско-польском фронте, давил восстания махновцев, антоновцев и петлюровцев. Летом 1925 года ему дали новое ответственное задание - нарком Фрунзе назначил Котовского своим заместителем.
Но вот вступить в должность Григорий Иванович не успел — 6 августа 1925 года он был застрелен неким Мейером Зайдером во время отдыха в совхозе Чебанка. Убийца был осужден к 10 годам заключения, но через два года был освобождён «За примерное поведение». Осенью 1930 года Зайдер был убит тремя ветеранами дивизии Котовского. Есть основания полагать, что все компетентные органы знали о готовившемся убийстве Зайдера, но убийцы осуждены не были.
Документы по делу об убийстве Котовского до сих пор находятся в российских спецхранах под грифом «совершенно секретно».