Произошедший в декабре 1991 распад СССР привёл к образованию независимых чемпионатов бывших союзных республик, и «Зенит» вместо второй лиги СССР оказался в высшей лиге чемпионата России. Однако организационное и финансовое положение клуба продолжало ухудшаться, и за десять недель до старта чемпионата Морозов подал в отставку, порекомендовав на пост главного тренера своего помощника, в прошлом одного из ведущих полузащитников «Зенита»-84 Вячеслава Мельникова. В команде осталась лишь местная молодёжь, и старт в чемпионате России 1992 года приняла команда, средний возраст основного состава которой составлял 20,5 лет, капитаном был 23-летний Михаил Левин, а тренеру-дебютанту было 38 лет. «Зенит» со счётом 2:0 нанёс единственное поражение в чемпионате московскому «Спартаку», который, впрочем, в той игре выступал полурезервным составом после победы в Кубке СССР—СНГ. Набрав одинаковое количество очков со ставропольским «Динамо», «Зенит» уступил ему по дополнительным показателям и, как и три года назад, вылетел в первую лигу. Первый мяч «Зенита» в чемпионатах России 1 апреля 1992 года забил Владимир Кулик. Евгений Зезин 6 августа принял участие в матче высшей лиги в возрасте 16 лет 83 дней, побив рекорд Саленко (16 лет 126 дней), установленный в 1986 году.
В межсезонье новым президентом клуба стал глава ПТС Леонид Туфрин, куратором команды со стороны мэрии стал вице-мэр Санкт-Петербурга по социальным вопросам Виталий Мутко. В новом сезоне в «Зените» появились очередые выпускники городских спортшкол. Выиграв в июне — августе 10 матчей подряд, клуб возглавил турнирную таблицу. В шести октябрьских матчах «Зенит» одержал пять побед (4:0, 4:0, 2:0, 6:1, 7:1), но отстал от тольяттинской «Лады» на два очка и уступил единственную путёвку в высшую лигу. В том году «Зенит» одержал 11 побед с крупным счетом (разница мячей 48-3), Владимир Кулик в 37 матчах забил рекордные для команды 36 голов.
В августе 1993 года вместо муниципального образования «Городской футбольный клуб „Зенит“» образовалось АОЗТ «ФК „Зенит“», первыми акционерами которого стали строительная корпорация «ХХ трест» (80 % акций) и мэрия Санкт-Петербурга (20 %).
В сезоне 1994 года опять начались проблемы с финансами, а школа «Смена», поставлявшая раньше «Зениту» выпускников, организовала команду мастеров «Смена-Сатурн», и не собиралась усиливать конкурента, игравшего в той же зоне первой лиги. Состав «Зенита» пополнили несколько игроков: Александр Панов, Дмитрий Давыдов, Денис Угаров, Роман Березовский. Дублирующий состав снялся из-за финансовых проблем. Перед намеченными на лето 1994 года Играми доброй воли закрылся на реконструкцию стадион имени Кирова. В этом сезоне «Зенит» провёл 6 матчей на стадионе Кировского завода, затем — 4 матча на стадионе «Обуховец» и 11 — на «Петровском».
Во время Игр доброй воли мэр Санкт-Петербурга Анатолий Собчак по совету комментатора Геннадия Орлова договорился о возвращении Павла Садырина со следующего сезона на пост главного тренера «Зенита». Команда в ожидании Садырина заняла в первенстве 11 место[38].
В межсезонье-1994/95 клуб подписал с Садыриным двухлетний контракт. Генеральным спонсором клуба стала пивоваренная компания «Балтика», вышла из числа акционеров корпорация «ХХ трест».
Клуб приобрёл чемпиона СССР защитника Дмитрия Быстрова, полузащитника Дмитрия Хомуху, вратаря Евгения Корнюхина, полузащитника Дмитрия Нежелева, вернулся Сергей Дмитриев, появился форвард Денис Зубко. 25 октября обыграв земляков из «Сатурна-1991» 1:0, «Зенит» вернулся в высшую лигу.
Перед сезоном-1996 в клуб вернулись местные воспитанники защитник Андрей Кондрашов и форвард Игорь Данилов, из донецкого «Шахтёра» перешёл Сергей Попов, в середине сезона начали играть 20-летний полузащитник Алексей Игонин и защитник Константин Лепёхин. По окончании сезона, в котором команда заняла 10 место, совет директоров «Зенита» не предложил главному тренеру нового контракта, после чего он попал в больницу с сердечным приступом.
В команду главным тренером был приглашён Анатолий Бышовец. Вслед за Садыриным ушёл ряд игроков, часть — вместе с ним в ЦСКА. В команду Бышовца среди прочих пришёл украинский защитник Юрий Вернидуб, а проблемы в обороне вынудили выпустить на поле 43-летнего помощника Анатолия Давыдова, сыгравшего насколько матчей с сыном Дмитрием. Летом в «Зенит» пришли защитник Василий Кульков, белорусский полузащитник Сергей Герасимец, украинский нападающий Геннадий Попович, полузащитник Александр Горшков. В итоге клуб занял 8 место.
В межсезонье-1997/98 в «Зенит» пришли армянский защитник Саркис Овсепян, украинские защитник Александр Бабий и полузащитник Роман Максимюк, молдавский диспетчер Александр Куртиян и вернувшийся из Китая Александр Панов. Из игроков основы «Зенита» Садырина остались лишь вратарь Березовский и защитник Кондрашов. Команда хорошо начала сезон, в мае «Зенит» возглавил турнирную таблицу чемпионата, выдав 12-матчевую беспроигрышную серию. В июле Бышовец параллельно принял сборную России. В итоге сборная под его руководством проиграла все шесть матчей, а «Зенит» в последнем матче сезоне не сумел обыграть «Тюмень», которая до этого проиграла 26 матчей из 29, и не попал в еврокубки. Командой в конце сезона руководил и. о. главного тренера Анатолий Давыдов, а по окончании сезона контракт с Бышовцем продлён не был[39].
1999. Победа в Кубке России
Геннадий Попович
Сезон-1999 для подопечных Анатолия Давыдова начался плохо: в первых восьми турах чемпионата была одержана всего одна победа. Однако, параллельно «Зенит» дошёл до финала Кубка России. В сезоне-1998 «Зенит» прошёл в 1/16 финала саратовский «Сокол», сыграв в основное время вничью 2:2 и выиграв 4:1 по пенальти, затем разгромив сочинскую «Жемчужину» 4:1. В четвертьфинале «Зенит» уверенно победил «Ростсельмаш» со счётом 2:0. В полуфинале «Зенит» встречался с московским ЦСКА. Матч проходил в напряжённой борьбе. Вышедший на замену Геннадий Попович забил победный мяч, и выиграв 1:0, «Зенит» впервые в своей истории вышел в финал Кубка России. Финал проходил на стадионе «Лужники» 26 мая. Соперником «Зенита» было московское «Динамо». В первом тайме «Динамо» повело в счёте благодаря голу Николая Писарева после подачи углового. «Зенит» мог проигрывать к перерыву и крупнее, но уверенно играл голкипер Роман Березовский. После перерыва ситуация кардинально изменилась. В середине 2-го тайма Геннадий Попович скинул головой мяч в штрафную Панову, тот обработал его и послал в сетку. Через 2 минуты, после удара от ворот «Зенита», мяч попал в Поповича и отскочил к Панову, который вышел один на один с голкипером «Динамо» Евгением Плотниковым и переиграл его. Главный тренер «Динамо» Георгий Ярцев выпустил нападающего Лаки Изибора, но ставка не сработала. В контратаке Александр Горшков разрезал оборону «Динамо» и вывел один на один с вратарем Романа Максимюка. После этого счёт стал 3:1. «Зенит» в концовке встречи мог забить ещё, но этому попрепятствовал фол последней надежды в исполнении Андрея Островского. В итоге «Зенит» победил 3:1 и стал первой немосковской командой, победившей в Кубке России. При этом в составе «Зенита» играл бывший капитан «Динамо» Андрей Кобелев, а в составе «Динамо» — воспитанник петербургского футбола Владислав Радимов. Лучшим игроком матча стал Александр Панов. В чемпионате-1999 «Зенит» занял 8-е место, а в Кубке УЕФА 1999/2000 уступил итальянской «Болонье» (0:3, 2:2); в розыгрыше Кубка России 1999/2000 «Зенит» вылетел на стадии 1/16 финала, уступив ижевскому клубу «Газовик-Газпром» 1:2.
2000—2002. Возвращение Морозова
Александр Кержаков
В середине сезона 2000 года Анатолия Давыдова сменил опытный Юрий Андреевич Морозов, уже приводивший «Зенит» к бронзовым медалям в 1980 году. Ставка стала делаться на молодых петербургских футболистов. Ушли Максимюк, Березовский, Панов, Кондрашов, Вернидуб и Бабий. Вместо них пришли молодые Аршавин, Акимов, Малафеев, Катульский и Астафьев, а также опытный украинский полузащитник Александр Спивак. «Зенит» дошёл до финала Кубка Интертото, одолев словенское «Приморье», венгерский «Ломбард» и английский «Брэдфорд Сити». В финале «Зениту» противостояла испанская «Сельта». В Виго «Зенит» уступил 1:2. В матче на «Петровском» «Зенит» выигрывал по ходу матча 2:0 (оба гола забил Геннадий Попович), но после голов Валерия Карпина на 83 минуте и Бенни Маккарти на 89-й игра окончилась со счётом 2:2, и «Зенит» уступил по сумме двух встреч 3:4. В чемпионате России-2000 «Зенит» занял 7-е место, а в Кубке России вылетел на стадии 1/16 финала, уступив липецкому «Металлургу» 1:2. В межсезонье в «Зенит» из любительского клуба «Светогорец» перешёл 18-летний нападающий Александр Кержаков. «Зенит» уверенно начал сезон-2001, одержав в чемпионате 5 побед в первых 6-ти турах. Однако, затем в семи матчах не одержал ни одной победы, потерпев несколько крупных поражений, в частности, 0:3 дома от «Торпедо» и 1:5 на выезде от «Локомотива». Болельщики критиковали Морозова за то, что тот ставил в состав Кержакова, не забившего в первых 15 турах ни одного мяча. Но Морозов верил в юного форварда, также как и в молодого полузащитника Аршавина, сыгравшего в итоге все матчи чемпионата. Наконец, в матче против московского «Спартака» Кержаков сравнял счёт в матче, а Катульский забил победный гол. После этого «Зенит» набрал обороты и стал даже претендовать на чемпионский титул. В 26-м туре в Санкт-Петербург приехал ЦСКА. Подопечные Павла Садырина открыли счёт в матче благодаря голу Сергея Семака. В первом тайме Максим Деменко сравнял счёт, а во втором армейцы были разгромлены, пропустив ещё 5 мячей. Причём 4 гола «Зенит» забил за 5 минут. Итог того матча — 6:1. По итогам чемпионата команда завоевала бронзовые медали, а Александр Кержаков, забивший 6 мячей в дебютном сезоне, был признан лучшим молодым игроком России. По окончании сезона команду покинули ветераны Александр Горшков, Геннадий Попович и Андрей Кобелев. На их место пришли югославы Ранджелович, Вьештица и Владар Мудринич.
«Зенит» уверенно выступил и в Кубке России 2001/02. Подопечные Морозова обыграли калужский «Локомотив», краснодарскую «Кубань», самарские «Крылья Советов» и раменский «Сатурн-RenTV». В финале им противостоял ЦСКА. Футболисты Валерия Газзаева оказались сильнее и победили со счётом 2:0. После этого Морозов подал в отставку по состоянию здоровья. Остаток сезона 2002 года «Зенитом» поочерёдно руководили Михаил Бирюков и Борис Раппопорт. В чемпионате России 2002 «Зенит» занял 10-е место. В Кубке России 2002/03 клуб вылетел на стадии 1/8 финала, а в Кубке УЕФА 2002/03 дважды разгромил андоррский «Энкамп» — 5:0 на выезде и 8:0 дома, но на стадии 1/64 финала уступил швейцарскому «Грассхопперсу» (1:3 и 2:1).
Нападающий Александр Кержаков в составе сборной России стал участником чемпионата мира в Японии и Южной Корее.
2002—2006. Эпоха Петржелы
Властимил Петржела
По окончании сезона-2002 президент клуба Виталий Мутко представил нового главного тренера. Им стал чешский специалист Властимил Петржела. Вместе с ним последовал приток чешских и словацких футболистов — Ширл, Чонтофальски, Мареш, Горак и Гартиг. Также команду пополнил воспитанник петербургского футбола и капитан самарских «Крыльев Советов» Владислав Радимов. Перед началом сезона «Зенит» покинули несколько ведущих игроков прошлых лет — Горовой, Лепёхин и Угаров, летом ушли Овсепян и Осипов. На старте сезона чешские футболисты стали играть в основном составе. В первых двух матчах были одержаны две красивые победы, причём во втором матче над действующими чемпионами России, выступавшими в то время в весенней стадии Лиги чемпионов — «Локомотивом», на их новом стадионе в Черкизово. Но в дальнейшем «Зенит» стал спускаться вниз по турнирной таблице и 10 мая потерпел сокрушительное поражение от московского «Динамо» 1:7. Петржела пошёл на риск и стал ставить в основной состав молодых футболистов — Быстрова, Денисова и Власова. Новым капитаном стал Владислав Радимов. После этого «Зенит» стал играть значительно сильнее. Костяк команды составили петербургские игроки — Быстров, Денисов, Радимов, Малафеев, Кержаков, Аршавин и Власов.
В чемпионате «Зенит» закончил первый круг на 4 месте, уступая 9 очков лидеру — ЦСКА. Причём после 11 тура команда шла на 8 месте, уступая 13 очков лидеру. Но затем «Зениту» удалось совершить стремительное продвижение вверх и завершить сезон на втором месте, впервые за всю историю клуба завоевав серебряные медали. Причём до последних туров «Зенит» сохранял реальные шансы на победу в чемпионате. В борьбе за золото ключевым оказался матч 28 тура в Ростове-на-Дону против «Ростова». В начале матча красивый гол забил Александр Спивак, который разыграл хитрую комбинацию с Радимовым. Но во втором тайме грубую ошибку допустил Вячеслав Малафеев: выйдя из штрафной и пытаясь прервать ногами острую передачу, он в прыжке промахнулся по мячу, и «Ростов» сравнял счет. После этого «Зенит» практически лишился шансов на золото. В конце сезона «Зенит» выиграл Кубок Премьер-Лиги, в финале одолев новороссийский «Черноморец» (3:0; 2:2). Владислав Радимов стал лучшим бомбардиром турнира, забив 4 мяча. Владимир Быстров был признан лучшим молодым игроком России. В кубке России 2003/04 «Зенит» без проблем победил в 1/16 финала челнинский «КАМАЗ» (2:0 на выезде и 6:2 дома), но затем уступил самарским «Крыльям Советов» по правилу выездного гола (0:0 на выезде и 1:1 дома).
Александр Горшков
В сезоне-2004 команду покинули Алексей Игонин, Алексей Катульский и Максим Астафьев. Зато вернулся в команду Александр Горшков, были приобретены Величе Шумуликоски, Мартин Шкртел; также ряды «Зенита» пополнили выпускники московской школы «Академика» — Строев, Максимов и Бураков. Болельщики рассчитывали на золотые медали. За несколько туров до финиша «Зенит» лидировал в турнирной таблице, но на финише выступил неудачно и занял лишь 4-е место. Лучшим бомбардиром чемпионата России стал Александр Кержаков, забивший 18 мячей.
Андрей Аршавин
В Кубке УЕФА 2004/05 «Зенит» дошёл до группового этапа, одолев по сумме двух матчей австрийский «Пашинг» (уступив 3:1 на выезде и победив 2:0 дома) и белградскую «Црвену Звезду» (4:0 дома и 2:1 на выезде). Групповой этап «Зенит» начал с разгромной победы 5:1 над греческим АЕКом (хет-трик на счету Кержакова), но затем уступил на выезде французскому «Лиллю» 1:2 и сыграл вничью с испанской «Севильей» 1:1 и с немецкой «Алеманией» 2:2. Таким образом, с пятью очками «Зенит» занял 4-е место в группе и выбыл из турнира.
Вячеслав Малафеев, Александр Кержаков, Владимир Быстров и Владислав Радимов в составе сборной России стали участниками чемпионата Европы в Португалии, а Павел Мареш в составе сборной Чехии стал бронзовым призёром турнира.
В межсезонье команду покинули Мартин Горак и Валентин Филатов, а по ходу сезона ушли Владимир Быстров и Валерий Цветков. Перед началом сезона были приобретены защитники Эрик Хаген и Ивица Крижанац и литовский нападающий Робертас Пошкус. В середине сезона-2005 был куплен защитник самарских «Крыльев Советов» и сборной России Александр Анюков.
В розыгрыше Кубка России 2004/05 «Зенит», обыграв омский «Иртыш» (7:1 дома (5 мячей на счету Кержакова) и 2:0 на выезде), краснодарскую «Кубань» (0:0 дома и 1:0 на выезде) и ярославский «Шинник» (4:0 дома и 4:1 на выезде), дошёл до полуфинала, где уступил будущим обладателям Кубка УЕФА — ЦСКА (1:0 дома и 0:2 на выезде).
В середине сезона Андрей Аршавин сделал хет-трик в ворота пермского «Амкара», но не радовался этому в знак протеста против продажи Владимира Быстрова в московский «Спартак». По итогам сезона «Зенит» стал шестым.
В конце сезона-2005 контрольный пакет акций футбольного клуба «Зенит» приобрело ОАО «Газпром». Новым президентом был назначен Сергей Фурсенко, который поставил задачу за 10 лет выиграть три еврокубка. Тогдашний селекционер клуба Константин Сарсания попросил Петржелу составить список кандидатов на усиление, в котором оказались Райан Гиггз и Руд ван Нистелрой. Купить «Зенит» их не смог. Тогда были приобретены Ярослав Несвадба и Хён Ён Мин.
Владислав Радимов
Soccer.Field Transparant.png
Флаг России
Малафеев
Флаг Чехии
Мареш
Флаг Чехии
Горак
Флаг Сербии и Черногории
Вьештица
Флаг Румынии
Кирицэ
Флаг России
Денисов
Флаг России
Радимов (к)
Флаг России
Быстров
Флаг России
Аршавин
Флаг Украины
Спивак
Флаг России
Кержаков
Ориентировочный стартовый состав в сезонах 2003 и 2004.
В розыгрыше Кубка УЕФА 2005/06 «Зенит» повторно прошёл австрийский «Пашинг», причём на той же стадии квалификации, что и год назад (1:1 дома и 2:2 на выезде) и греческий АЕК (0:0 дома и 1:0 на выезде, единственный гол был забит Аршавиным эффектным дальним ударом за 85 минуте). Групповой этап «Зенит» начал с победы над португальской «Виторией» 2:1, затем уступил при плохих погодных условиях английскому «Болтону» 0:1, после этого клуб благодаря дублю Кержакова одолел испанскую «Севилью» 2:1 и завершил групповой этап ничьей в Стамбуле с «Бешикташем» 1:1. Впервые в своей истории «Зенит» вышел в весеннюю стадию еврокубка. На стадии 1/16 финала «Зенит» легко победил норвежский «Русенборг», который ранее вылетел из Лиги чемпионов — 2:0 на выезде и 2:1 дома. Далее команде противостоял французский «Олимпик» Марсель. На «Велодроме» «Зенит» выиграл 1:0 благодаря точному обводящему удару Андрея Аршавина. В ответной встрече «Зенит» сыграл вничью 1:1. Гол забил Александр Кержаков. В четвертьфинале «Зенит» снова встретился с «Севильей». В первом матче в Испании «Зенит» к концу первого тайма проигрывал 0:1, но Кержаков перед перерывом сравнял счёт ударом головой с ювелирного паса Аршавина. Матч, по ходу которого были удалены Хаген и Аршавин, окончился со счётом 1:4. Ответная встреча завершилась со счётом 1:1 (гол у «Зенита» на счету Хён Ён Мина). Дальше прошла «Севилья», которая и выиграла Кубок УЕФА.
В розыгрыше Кубка России 2005/06 «Зенит» снова уступил в полуфинале ЦСКА (0:1 дома и 0:3 на выезде). До этого были пройдены «Кубань», «Терек» и московское «Торпедо».
В 2005 году распространились слухи о том, что Петржелой завладела страсть к азартным играм.
В 7-м туре чемпионата России «Зенит» на своём поле крупно уступил московскому «Спартаку» 1:4. Затем он проиграл ЦСКА на выезде в Кубке России — 0:1. После этого было объявлено об отставке Властимила Петржелы.
2006—2009. Победы Адвоката
Летом 2006 года на должность главного тренера был приглашён известный голландский тренер Дик Адвокат, обладатель большого числа трофеев во главе различных команд Европы. Последним местом работы голландца была сборная Южной Кореи, которую он вывел на чемпионат мира в Германии. Были проданы Олег Власов, чехи Ярослав Несвадба и Ян Флахбарт, литовец Робертас Пошкус. Первыми приобретениями клуба после заключения контракта с Адвокатом стали корейцы Ли Хо и Ким Дон Джин, голландец Фернандо Риксен, турок Фатих Текке и любимец петербургских болельщиков Александр Панов. Первым матчем Адвоката в роли главного тренера стала встреча против московского «Динамо» 6 июля на стадионе имени Кирова. В присутствии 45 тысяч команды сыграли безголевую ничью. Вскоре после этого матча стадион был демонтирован с целью постройки на его месте нового спортивного сооружения.
При Дике Адвокате «Зенит» долго не проигрывал. Первое поражение клуб потерпел 14 октября в матче против московского «Спартака». Гол в компенсированное время забил воспитанник «Зенита» Владимир Быстров. Вскоре последовало разгромное поражение от казанского «Рубина» со счётом 0:3. По ходу сезона-2006 место в основном составе потеряли Александр Спивак и Александр Кержаков.
Константин Зырянов
По итогам чемпионата-2006 «Зенит» занял 4-е место и получил право сыграть в Кубке УЕФА 2007/08.
В декабре 2006 Александр Кержаков, ранее забивший свой 100-й гол в карьере, перешёл в испанский клуб «Севилья». Александр Панов был отдан в аренду в московское «Торпедо», Павел Мареш ушёл в пражскую «Спарту», а кореец Хён Ён Мин вернулся на родину.
Перед началом сезона-2007 «Зенит» проявил активность на трансферном рынке — были приобретены лучший игрок «Томи» Павел Погребняк, дебютировавший в сборной России, Константин Зырянов, игрок московского «Торпедо», один из лучших игроков сезона-2006 — форвард «Рубина» Алехандро Домингес и капитан донецкого «Шахтёра» Анатолий Тимощук, купленный за рекордные для отечественного футбольного рынка того времени 20 миллионов долларов.
В межсезонье в товарищеском матче против испанского клуба «Малага» состоялась стычка между Владиславом Радимовым и Фернандо Риксеном. Оба были удалены с поля. Радимов потерял капитанскую повязку и по ходу сезона надолго оказался в запасном составе. Новым капитаном был выбран Андрей Аршавин. Капитаном Андрей пробыл недолго. Перед домашним матчем с московским «Спартаком» в Кубке России Аршавин, Анюков и Денисов, нарушили спортивный режим подготовки к игре. Дик Адвокат перевёл их в дубль, и «Зенит» проиграл 1:2. Адвокат решил сделать капитаном норвежца Эрика Хагена, но тот вскоре отказался от своего решения из-за незнания русского языка. Команда избрала новым капитаном Тимощука. В первой половине сезона игра команды была неровной, имели место поражения от московских ЦСКА и «Спартака». Однако это не помешало «Зениту» по итогам первого круга занимать первое место в турнирной таблице. В июне Дик Адвокат отказался от услуг Александра Спивака, и тот завершил карьеру футболиста. В начале 2-го круга «Зенит» потерпел поражения от московских «Спартака» и «Динамо», которым руководил бывший зенитовец Андрей Кобелев, сыграл вничью (0:0) дома с пермским «Амкаром». Пошли слухи об отставке голландского специалиста. 8 августа в матче 1/8 финала Кубка России «Зенит» разгромил московское «Динамо» на «Петровском» со счётом 9:3. После этого команда сплотилась и в последних 11 матчах чемпионата выиграла 10 игр, став чемпионом России, опередив московский «Спартак» на 2 очка. Победный мяч в последнем матче чемпионата против «Сатурна» забил Радек Ширл.
Soccer.Field Transparant.png
Флаг России
Малафеев
Флаг Чехии
Ширл
Флаг Хорватии
Крижанац
Флаг России
Широков
Флаг России
Анюков
Флаг России
Зырянов
Флаг Украины
Тимощук (К)
Флаг России
Денисов
Флаг России
Файзулин
Флаг России
Аршавин
Флаг России
Погребняк
Стартовый состав «Зенита» в кубке УЕФА 2007/08.
В розыгрыше Кубка УЕФА 2007/08 «Зенит» во 2-м отборочном раунде одолел словацкий «ВиОн» (2:0 и 3:0). В своем дебютном матче за основной состав забил мяч 18-летний Алексей Ионов. В 1-м раунде был переигран будущий чемпион Бельгии — льежский «Стандард» (3:0 и 1:1). В групповом этапе «Зенит» попал в группу A, где сыграл вничью с голландским АЗ (1:1) и немецким «Нюрнбергом» (2:2), выиграл у греческой «Ларисы» (3:2) и проиграл английскому «Эвертону» (1:0), в результате чего второй раз в своей истории вышел в весеннюю стадию розыгрыша трофея.
Александр Анюков
В межсезонье 2007/08 «Зенит» приобрёл Томаша Губочана, Романа Широкова и Виктора Файзулина. Покинул команду Эрик Хаген, вернувшийся в Норвегию, словак Мартин Шкртел был продан за 13 миллионов долларов в английский «Ливерпуль». Был разорван контракт с Александром Пановым, который должен был играть в составе команды на Кубке чемпионов Содружества, но из-за болезни принять участие в играх не смог. «Зенит» на том турнире выступил молодёжным составом, который незадолго до этого возглавил Анатолий Давыдов, и дошёл до 1/4 финала. Из-за дефицита защитников эту позицию занял новичок команды Роман Широков, проявивший себя неплохо. 14 февраля 2008 в 1/16 Кубка УЕФА «Зенит» переиграл 1:0 испанский «Вильярреал». В ответном матче, прошедшем через неделю, «Зенит» проиграл 1:2 и прошёл дальше благодаря голу в гостях, потеряв главного тренера Адвоката, игроков Романа Широкова и Ширла (все три — удаление и дисквалификация) и травмированного на длительный срок Николаса Ломбертса.
В 1/8 финала Кубка УЕФА «Зенит» играл с марсельским «Олимпиком» в ослабленном составе и к концу первого тайма первой игры, проходившей на «Велодроме», уступал 0:3, затем Аршавин с передачи Радимова отыграл один гол. Между двумя играми 1/8 финала, 9 марта, «Зенит» завоевал Суперкубок России, обыграв московский «Локомотив» 2:1. Ляп допустил вратарь железнодорожников Иван Левенец, из-за чего Андрей Аршавин открыл счёт, а во втором тайме Павел Погребняк забил второй мяч. 12 марта «Зенит» благодаря дублю Павла Погребняка обыграл «Олимпик» 2:0 и прошёл дальше.
В чемпионате России команда Адвоката в шести стартовых матчах тура набрала всего 7 очков. Из-за участия клуба в Кубке УЕФА несколько весенних матчей чемпионата были перенесены на лето. 3 апреля в матче 1/4 Кубка УЕФА «Зенит» обыграл на стадионе «Бай-Арена» леверкузенский «Байер» со счётом 4:1, в ответной игре уступил 0:1 и по сумме двух игр вышел в полуфинал. Героем противостояния стал Аршавин, у которого накануне первого матча родилась дочь.
24 апреля «Зенит» в полуфинале Кубка УЕФА свёл вничью матч в Мюнхене с «Баварией» (1:1). В ответной игре 1 мая на «Петровском» «Зенит» разгромил «Баварию» 4:0 и вышел в финал. Тот матч «Зенит» проводил без дисквалифицированных Аршавина, Ширла и Риксена, а также без травмированных Кима и Ломбартса. Позицию левого защитника пришлось занять 38-летнему полузащитнику Александру Горшкову, который отыграл весь матч, закрыв игрока сборной Германии Бастиана Швайнштайгера. Один из лучших своих матчей в составе «Зенита» провёл Алехандро Домингес. Голы на счету Виктора Файзулина, Константина Зырянова и Павла Погребняка, отметившегося дублем и 4-й жёлтой карточкой (финальный матч Павел пропускал).
Поздним вечером 14 мая «Зенит» на поле стадиона «Сити оф Манчестер» в Манчестере обыграл в финале Кубка УЕФА «Рейнджерс» из Глазго со счётом 2:0. Голы на счету Игоря Денисов и Константина Зырянова. Форвард Зенита Павел Погребняк стал лучшим бомбардиром турнира, а Аршавин был признан лучшим игроком финального матча.
На проходившем в июне 2008 года чемпионате Европы сборная России стала бронзовым призёром, пять подопечных Дика Адвоката были причастны к этому достижению: Андрей Аршавин, Константин Зырянов, Роман Широков, Александр Анюков и Вячеслав Малафеев. Летом команду пополнили француз Себастьян Пюигренье и португалец Данни, купленный у московского «Динамо» за очередную рекордную сумму — 30 миллионов евро.
Игорь Денисов
В Кубке России «Зенит», выступая в резервном составе, вылетел уже в 1/16 финала, уступив новосибирской «Сибири» (0:1). 29 августа в Монако на стадионе Луи II в Суперкубке УЕФА «Зенит» обыграл победителя Лиги чемпионов «Манчестер Юнайтед» со счётом 2:1 благодаря мячам Погребняка и Данни. Свой последний матч за «Зенит» сыграл Владислав Радимов, по окончании сезона-2008 завершивший карьеру вместе с Александром Горшковым.
В чемпионате России-2008 «Зенит» занял 5-е место, дающее право участвовать в Лиге Европы 2009/10. Много очков было потеряно в матчах с аутсайдерами. В групповом этапе Лиги чемпионов «Зенит» стал третьим и прошёл в плей-офф последнего в истории розыгрыша Кубка УЕФА.
Сезон 2009 года Адвокат начал без Аршавина, после долгих переговоров перешедшего в лондонский «Арсенал», Алехандро Домингеса, вернувшегося в казанский «Рубин», Владислава Радимова и Александра Горшкова, завершивших спортивную карьеру, корейца Ли Хо и француза Себастьяна Пюигренье. В межсезонье были приобретены португальский защитник Фернанду Мейра, полузащитник Игорь Семшов, венгерский вингер Сабольч Хусти и голкипер Дмитрий Бородин (последний был вскоре отдан в аренду на полгода в «Химки»).
В плей-офф Кубка УЕФА «Зенит» обыграл немецкий «Штутгарт» (2:1; 2:1), затем уступил итальянскому «Удинезе» (0:2; 1:0). Свои первые мячи за «Зенит» забили Хусти и Семшов. Первый круг чемпионата России 2009 года «Зенит» завершил в середине турнирной таблице, потеряв из-за травмы до конца сезона Данни.
Летом 2009 года команду покинули Анатолий Тимощук, перешедший в мюнхенскую «Баварию», и Павел Погребняк, перешедший в «Штутгарт». Приобретены же были белорусский нападающий Сергей Корниленко и итальянский полузащитник Алессандро Розина.
Дик Адвокат выбрал новым капитаном Вячеслава Малафеева. Во время сборов на просмотр уехал словацкий вратарь Камил Чонтофальски, не игравший с ноября 2007. В тот же день Малафеев на разминке получил травму. Капитаном в его отсутствие стал Александр Анюков, но капитанская повязка осталась у него даже после возвращения в строй Малафеева. 9 августа «Зенит» проиграл в чемпионате «Томи» со счётом 0:2. В первые часы 10 августа руководство клуба приняло решение об отставке Адвоката.
2009. Второй шанс Давыдова
Владимир Быстров
10 августа 2009 года исполняющим обязанности главного тренера был назначен Анатолий Давыдов, возглавлявший до того молодёжный состав «Зенита». Первым для него стал гостевой поединок с пермским «Амкаром». Уже к 15-й минуте «Зенит» проигрывал 0:2 после дубля Мартина Кушева, но к перерыву сравнял счёт благодаря голам Семшова и Денисова, а во втором тайме точные удары Сабольча Хусти и Семшова принесли победу «Зениту» со счётом 4:2.
20 августа 2009 года команда проиграла в первом матче 4-го отборочного раунда Лиги Европы португальскому «Насьоналу» со счётом 3:4. Ответный матч 27 августа «Зенит» сыграл вничью 1:1, создав около 15 голевых моментов. До последней минуты «Зенит» вёл с устраивающим его счётом 1:0, но вратарь «Зенита» Камил Чонтофальски ошибся на выходе, и «Насьонал» сравнял счёт в матче. В итоге «Зенит» выбыл из соревнования. Сразу после этого состоялось возвращение в команду Владимира Быстрова, набравшего на тот момент великолепную форму и являвшегося одним из лучших игроков чемпионата. Это возвращение болельщики восприняли по-разному. Второй дебют Быстрова пришёлся на гостевой поединок с «Химками», где он забил гол, а Анатолий Давыдов назвал его лучшим игроком матча. После прихода Давыдова был снят с трансфера и поставлен в основной состав турецкий форвард Фатих Текке, который оценил доверие тренера, отличившись в четырёх матчах подряд. Также был расторгнут контракт с полузащитником Фернандо Риксеном. Из «Химок» вернулся вратарь Дмитрий Бородин, а из французского «ПСЖ» был взят в аренду с правом выкупа сербский нападающий Матея Кежман. 26 сентября «Зенит» обыграл на своем поле ЦСКА со счётом 2:0 и вступил в борьбу за чемпионский титул. 3 октября Давыдов был назначен главным тренером «Зенита». 25 октября клуб сыграл вничью со «Спартаком» из Нальчика и фактически выбыл из борьбы за чемпионство. 29 ноября «Зенит» в меньшинстве выиграл со счетом 2:1 у московского «Спартака» и сумел завоевать бронзу.
С приходом в «Зенит» итальянского специалиста Лучано Спаллетти Анатолию Давыдову было сделано предложение продолжить работу в структуре клуба.
Успех молодёжного состава
Анатолий Давыдов
Подопечные Анатолия Давыдова удачно начали сезон-2009, с первых туров войдя в группу лидеров, показывая весьма гармоничный атакующий футбол. Перед началом чемпионата помощником Давыдова был назначен Александр Горшков, за несколько месяцев до этого завершивший свою карьеру. Благодаря успехам «Зенита»-м группа молодых игроков — Игнатович, Канунников, Комолов и Абдулфаттах — была привлечена Диком Адвокатом к тренировкам с основным составом. В середине сезона Алексей Ионов провёл несколько матчей за основной состав на хорошем уровне. После назначения Анатолия Давыдова на пост и. о. главного тренера основного состава молодёжную команду возглавил его помощник Николай Ларионов. Середину сезона «Зенит»-м закончил на втором месте, а нападающие Игнатович и Канунников дебютировали за основной состав «Зенита».
На финише сезона молодёжный состав «Зенита» возглавил турнирную таблицу и перед последним туром опережал на 3 очка главного конкурента — московский «Спартак». Петербургским молодым футболистам было достаточно сыграть вничью, но они на переполненной малой арене стадиона «Петровский» обыграли сверстников из «Спартака» со счётом 1:0. Золотой гол с пенальти забил лучший бомбардир первенства молодёжных команд Павел Игнатович. Трио петербургских тренеров Горшков — Ларионов — Окрошидзе привело молодёжную команду к первому в её истории золоту.
2009—2014. Успехи Спаллетти
Лучано Спаллетти
10 декабря 2009 года состоялось заседание совета директоров ФК «Зенит», где была единогласно утверждена кандидатура главного тренера. Им стал Лучано Спаллетти. Контракт с итальянским специалистом, до этого возглавлявшим «Рому», был заключён сроком на 3 года. По окончании сезона-2009 команду покинули Кежман, вернувшийся в «ПСЖ», и Чонтофальски, ушедший в кипрский АЕЛ. Первым новичком «Зенита» стал защитник сборной Дании 22-летний Микаэль Лумб, уже через 6 месяцев перешедший на правах аренды в нидерландский «Фейеноорд». 16 января 2010 года четырёхлетний контракт заключил воспитанник «Зенита» и лучший бомбардир в истории клуба Александр Кержаков. На сбор было взято множество молодых футболистов. В конце января Игорь Семшов вернулся в московское «Динамо», так как хотел иметь железное место в основном составе. В феврале турецкий форвард Фатих Текке перешёл в казанский «Рубин», а вскоре были подписаны контракты с вратарём ФК «Москва» и сборной Белоруссии Юрием Жевновым и нападающим голландского ПСВ и сборной Сербии Данко Лазовичем. 9 марта 2010 года Сергей Корниленко был отдан в аренду в «Томь».
Данни
В трёх стартовых турах чемпионата России «Зенит» набрал 7 очков, показав очень содержательный, дисциплинированный и качественный футбол. Оправившийся от тяжёлой травмы португалец Данни вышел на лидирующие позиции в команде, забив два мяча и показав игру высокого уровня. В перенесённом матче с ЦСКА «Зенит» выиграл со счётом 2:0, практически не дав соперникам даже ударить по воротам. Голами отметились Крижанац, забивший мяч на первых минутах с углового, и Кержаков во втором тайме.
Первый трофей Спаллетти с «Зенитом» был выигран 16 мая 2010 года в Ростове-на-Дону. В финале Кубка России петербургская команда обыграла со счётом 1:0 новосибирскую «Сибирь» благодаря голу с пенальти в исполнении Романа Широкова.
Защиту нового титула «Зенит» начал с петербургского дерби против «Динамо» в 1/16 финала кубка России 2010/11. В 1-м тайме «Зенит» открыл счёт благодаря голу Максима Канунникова, но уже после перерыва Максим Рогов сравнял счёт с пенальти. Однако дубль Алессандро Розины вывел «Зенит» в следующий раунд.
В июле ряды «Зенита» пополнили нападающий казанского «Рубина» и сборной России Александр Бухаров, защитник итальянского «Удинезе» и сборной Сербии Александар Лукович, а также защитник «Порту» и сборной Португалии Бруну Алвеш.
31 июля «Зенит» на «Петровском» победил действующего чемпиона России «Рубин» со счётом 2:0. На послематчевой пресс-конференции главный тренер «Рубина» Курбан Бердыев сказал следующее:
«Думаю, „Зенит“ победил заслуженно. Во втором тайме петербургская команда играла хорошо — компактно, более надёжно в обороне. Виден почерк Спаллетти. Есть неудовлетворение в связи с нашей игрой в атаке, но это больше заслуга „Зенита“. Лидерство „Зенита“ в чемпионате России закономерно. Остальные команды будут бороться за вторые-третьи места»[40]
Президент «Газпрома» Алексей Миллер после матча заявил о решении сделать «Зенит» базовым клубом сборной России. 5 августа был приобретён многоопытный капитан «Рубина» и сборной России Сергей Семак.
Отборочный турнир Лиги чемпионов «Зенит» начал с выездной ничьей 0:0 с румынским клубом «Униря». Хотя петербургский клуб больше часа играл в большинстве, взломать оборону соперника не удалось. Ответный поединок, несмотря на не слишком выразительную игру, «Зенит» выиграл со счетом 1:0 благодаря мячу, который в середине первого тайма забил Данни.
Вячеслав Малафеев
В следующем раунде «Зениту» выпало противостояние с бронзовым призёром чемпионата Франции — «Осером». Первый поединок в Санкт-Петербурге вышел непростым для «Зенита», несмотря на то что уже на 3-й минуте матча счёт открыл Александр Кержаков, забивший свой 100-й гол за «Зенит». Дважды счет мог увеличить Роман Широков, но ему не хватило точности. «Осер» же имел два выгодных момента для взятия ворот, но в одном случае выручила перекладина, в другом форвард французской команды не сумел реализовать выход один на один. В итоге первая игра завершилась с минимальным преимуществом «Зенита». Ответная игра стала неудачной для команды. Во Франции «Зенит» не сумел создать реальных угроз у ворот соперника и допустил грубейшие ошибки при стандартных положениях. В начале каждого из таймов мячи после подач угловых забили Ангбар и Елень. После этого ошибки допустили сначала Вячеслав Малафеев, а затем и Томаш Губочан, оба были удалены с поля. «Зенит» потерпел свое первое поражение при Лучано Спаллетти и продолжил свой европейский сезон в групповом турнире Лиги Европы, где в ему в соперники выпали греческий АЕК, бельгийский «Андерлехт» и хорватский «Хайдук».
7 сентября «Зенит» покинул один из старожилов клуба — чешский полузащитник Радек Ширл, который при Спаллетти даже не попадал в заявку на матчи и поэтому перешёл в чешский клуб «Млада Болеслав». За 8 сезонов в «Зените» Радек сыграл в 189 официальных матчах и забил гол, принёсший «Зениту» чемпионское звание в 2007 году.
Осенью 2010 года отличную форму набрал Александр Кержаков, забивший за месяц 9 мячей в чемпионате и Лиге Европы, за счёт чего «Зенит» одержал ряд ярких побед: над «Андерлехтом» со счётом 3:1 и АЕКом со счётом 4:2 в Лиге Европы, а также в чемпионате России, где со счётом 6:1 был обыгран «Сатурн».
Первое поражение Лучано Спаллетти в чемпионате России
После 25-го тура «Зенит» довёл свою беспроигрышную серию до 26 матчей. Чтобы повторить рекорд московского «Локомотива», «Зениту» надо было не проиграть «Спартаку» в Москве. Игра шла на равных, но на 88-й минуте «Спартак» получил право на пенальти, который реализовал Дмитрий Комбаров. Отыграться «Зениту» времени уже не хватило.
В 26-м туре «Зенит» разгромил на своём поле «Аланию» со счётом 3:0 благодаря мячу Данко Лазовича и дублю Кержакова. После этого «Зенит» за 4 тура до конца обеспечил себе место в призёрах, а отрыв от ближайших преследователей, «Рубина» и ЦСКА, составлял 6 и 9 очков соответственно. В 28-м туре «Зенит» разгромил «Ростов» со счётом 5:0 и завоевал второе в своей истории звание чемпиона России.
В следующем сезоне «Зенит» сумел продолжить развивать успех как на внутренней, так и на европейской арене. Для подопечных Спаллетти сезон начался с победы в Суперкубке России над московским ЦСКА со счётом 1:0, автором победного гола стал Алексей Ионов, несмотря на то, что большая часть игры проходила с преимуществом «армейцев». В первой части переходного сезона чемпионата России (который разыгрывался в два этапа) главным соперником «Зенита» стал всё тот же ЦСКА, которому петербуржцы изначально уступали и были в роли догоняющих. Личная встреча с московским коллективом, состоявшаяся 10 апреля, закончилась со счётом 1:1, однако через несколько дней из-за нарушения регламента чемпионата «Зениту» было засчитано техническое поражение со счётом 0:3. По итогам первого круга чемпионата «Зенит» отставал от лидера на семь очков. В летнее трансферное окно команду пополнил итальянский защитник Доменико Кришито, который быстро стал одним из лидером команды. После месячной летней паузу «сине-бело-голубые» набрали хорошую форму и ситуация начала меняться в их пользу: уже в августе команда сумела догнать ЦСКА, а в сентябре и вовсе стать единоличными лидерами чемпионата. Перед длительной зимней паузой «Зенит» оторвался от москвичей на шесть очков. В феврале 2012 года «Зенит» до конца сезона взял в аренду свою бывшую звезду Андрея Аршавина, который получал мало игровой практики в «Арсенале». С возобновлением чемпионата «Зенит» выдал девятиматчевую беспроигрышную серию и за три тура до конца чемпионата, обыграв со счётом 1:2 московское «Динамо» во второй раз подряд стал чемпионом России. Уже после завоевания титула «Зенит» потерпел поражения 2:3 от другого московского клуба - «Спартака», который в итоге сумел обойти ЦСКА и занять второе место.
Удалось «Зениту» добиться успеха и в Лиге чемпионов УЕФА, где команда впервые в истории вышла в плей-офф. На групповом этапе ее соперниками стали кипрский «АПОЭЛ», португальский «Порту» и украинский «Шахтёр». Петербургскому коллективу удалось по разу обыграть на своём поле португальский и украинский клубы, а также благодаря уверенной игре вратаря Вячеслава Малафеева добиться важных гостевых ничьих в Португалии и на Кипре, который позволили занять подопечным Спаллетти второе место в группе (первое сенсационно занял «АПОЭЛ»). Соперником «Зенита» в 1/8 финала стала португальская «Бенфика». На «Петровском» «Зенит» одержал победу со счётом 3:2, однако на выезде уступил 0:2 и завершил выступление на турнире.
В последние часы летней дозаявочной компании лета 2012 года «Зенит» сумел договориться о переходе в команду бразильского форварда Халка и бельгийского полузащитника Акселя Витселя. По официальным данным покупка обоих футболистов обошлась клубу в рекордные для российского футбола 80 миллионов евро.[источник не указан 1263 дня]
Сезон 2012/2013 для «Зенита» начался с Суперкубка России, в котором клуб уступил «Рубину» 0:2. В чемпионате «Зенит» стартовал удачно: в 5 играх — 4 победы и 1 ничья. В 3 туре «Зенит» на своем поле разгромил московский «Спартак» 5:0. В Лиге чемпионов клуб дебютировал в сезоне на выезде против испанской «Малаги» и уступил со счетом 0:3. Далее «Зенит» уступил дома «Милану» 2:3. В 3 туре Лиги чемпионов «Зенит» выиграл у «Андерлехта» 1:0 благодаря единственному голу Александра Кержакова с пенальти. В 16 туре команда встречалась в гостях с московским «Динамо». Матч был прерван на 37-й минуте матча из-за беспорядков на трибунах. С трибуны гостей во вратаря бело-голубых Антона Шунина брошено пиротехническое устройство, в итоге «Зениту» было присуждено техническое поражение 0:3, наложен штраф и присуждено наказание в виде проведения двух домашних матчей без зрителей. По итогам группового этапа Лиги чемпионов «Зенит» вышел с 3 места в 1/16 финала Лиги Европы. В зимнем межсезонье Зенит пополнили Луиш Нету и Милан Родич и покинули завершивший карьеру Дмитрий Бородин, Микаэль Лумб, Ренат Янбаев и Максим Канунников.
По итогам жеребьевки 1/16 Лиги Европы «Зенит» встретился с английским «Ливерпулем». Первый матч петербуржцы дома выиграли со счетом 2:0. Ответный проиграли 1:3, но вышли в 1/8 финала на швейцарский «Базель». Первый матч в гостях «Зенит» проиграл 0:2. В ответном матче «Зенит» выиграл 1:0 и завершил выступление в еврокубках. В Кубке России «Зенит» проиграл «Анжи» 0:1 В 30-м туре чемпионата России «Зенит» встречался с пермским «Амкаром», сыграл 0:0, тем самым набрав 62 очка и завоевав серебряные медали чемпионата.
9 марта «Зенит» в домашнем матче сыграл вничью с «Томью» со счётом 0:0. 11 марта в связи с неудовлетворительными результатами команды принято решение об отстранении Лучано Спалетти от руководства командой. Исполняющим обязанности главного тренера был назначен помощник Спалетти Сергей Семак[41]. Тем не менее, Лучано Спаллетти и его тренерский штаб не разрывали действующие контракты с клубом и продолжили получать в нём зарплату[42].