http://www.istpravda.ru/chronograph/1632/
После ряда поражений от правительственных войск Емельян Пугачев хотел было пойти по Волге к Каспийскому морю, а оттуда пробираться либо на Украину, к запорожским казакам, либо в Турцию. Но в этот момент он был схвачен собственными полковниками, решивших в обмен на Пугачева получить от правительства помилование.
15 сентября пленный «Государь Петр III» был передан правительственным войскам, которыми командовал генерал-поручик А. В. Суворов. Пушкин так описывает встречу Суворова и Пугачева: «Суворов с любопытством расспрашивал славного мятежника о его военных действиях и намерениях… Пугачев сидел в деревянной клетке на двухколёсной телеге. Сильный отряд, при двух пушках, окружал его. Суворов от него не отлучался. В деревне Мостах (во ста сорока верстах от Самары) случился пожар близ избы, где ночевал Пугачёв. Его высадили из клетки, привязали к телеге вместе с его сыном, резвым и смелым мальчиком, и во всю ночь Суворов сам их караулил».
В Симбирске Пугачева допрашивали в течение 2—6 октября командующий карательными войсками генерал-аншеф граф П. И. Панин и начальник секретных комиссий генерал-майор П. С. Потемкин. Здесь впервые к Пугачеву применили пытки, в результате которых он оговорил себя и знакомых ему раскольников в наличии давних планов восстания. Позднее на следствии в Москве эти оговоры были опровергнуты. Вместе с тем и под пытками Пугачев не признал, что к восстанию могли быть причастны иностранные государства или кто-либо из заговорщиков-дворян.
26 октября Пугачева отправили из Симбирска в Москву, конвой сопровождался ротой пехоты с несколькими пушками. Утром 4 ноября конвойная команда доставила Пугачёва в Москву, где он был помещен в подвале здания Монетного двора у Воскресенских ворот Китай-города. Вместе с Пугачевым в Москву для проведения генерального следствия были доставлены все оставшиеся в живых пленённые участники восстания.
Следствие велось особой следственной комиссией Тайной экспедиции Сената, главными в составе которой были московский губернатор генерал-аншеф князь М. Н. Волконский, обер-секретарь Тайной экспедиции С. И. Шешковский и генерал-майор П. С. Потемкин. Императрица Екатерина живо интересовалась ходом следствия, указывая направления, в которых должны вестись допросы. Она же была обеспокоена донесениями об ухудшении здоровья главных подследственных, передав послание следователям: «Весьма неприятно бы было её величеству, если бы кто из важных преступников, а паче злодей Пугачев от какого изнурения умер и избегнул тем заслуженного по злым своим делам наказания, тем более, что П. С. Потёемкин по приезде в Москву гораздо слабее его нашел против того, каков он из Симбирска был отправлен».
По окончании следствия манифестом Екатерины II от 19 декабря 1774 года был определён состав суда. Судьями были назначены 14 сенаторов, 11 «персон первых трех классов», 4 члена Синода и 6 президентов коллегий. Наблюдать за проведением процесса был назначен генерал-прокурор Вяземский.
31 декабря утром в суд был доставлен Пугачев. Стоя на коленях, он ответил на заготовленные вопросы о признании своих преступлений, после чего суд принял решение: «Емельку Пугачева четвертовать, голову воткнуть на кол, части тела разнести по четырем частям города и положить на колеса, а после на тех местах сжечь». Вместе с Пугачевым к четвертованию был приговорен и Афанасий Перфильев. Ещё три человека — М.Шигаев, Т.Подуров и В.Торнов были приговорены к повешению.
Приговор был приведен в исполнение 10 (21) января 1775 на Болотной площади. По рассказам современников, переданных в пушкинской «Истории Пугачева», палач имел тайное указание от Екатерины II сократить мучения осуждённых, и Пугачеву с Перфильевым сначала отсекли головы и лишь потом четвертовали. Стоя на эшафоте, Пугачев крестился на соборы, кланялся на все стороны и говорил: «Прости, народ православный, отпусти мне, в чем я согрубил перед тобой… прости, народ православный!» Через несколько минут отрубленная палачом голова была показана народу и оказалась на спице, остальные части тела — на колесе. Казнь Перфильева была последним официальным четвертованием в России.
Первую жену Пугачева Софью Дмитриевну и детей Трофима, Аграфену и Христину, а также вторую жену — Устинью Петровну (Кузнецову) приговорили к содержанию в Кексгольмской крепости.