26 октября 1581 года Ермак со своими казаками вступил в оставленный противником Искер. После поражения сибирского войска в битве при Чувашском мысу, город был занят Ермаком. Накануне занятия его жители и сам хан Кучум спешно бежали в ишимские степи. По преданию, казаки нашли здесь богатую добычу. После гибели Ермака, в городе вновь пыталась утвердиться династия тайбугинов в лице Сейд Ахмеда, нашедшая поддержку у Казахского ханства. Но после пленения в 1588 году в Тобольске Сейд Ахмеда и «царя Салтана» Кашлык запустел и стал разваливаться, отчасти подмываемый рекой Иртыш.